WPFとSilverlightって何が違うの？

WPFとSilverlightは別のものです。

簡単に言うとSilverlightは、「マルチブラウザでの動作を前提としたプラグイン」であり(Operaでの動作は少々不安定？)、

WPFは、「Windows XP移行で動作するWindowsアプリケーション用の技術」です。

WPFは業務で使ったことがあり、Silverlightは業務外で少ししか触っていないので、比較するのも何ですが、

個人的には、WPFが好きです。
WPFのほうがSliverlightより、多く機能をカバーしているように思えます。

例えば、ItemControlの検索機能であったり、クリック回数の検出など。

もちろん、Silverlight 5では上記の機能をサポートしています。

Silverlight 5の個人的なイチオシは、データバインディングのデバッグができること。要は、XAMLにブレークポイントが置けるってこと。

冒頭にも書きましたが、「マルチブラウザでの動作」が必要であれば、Silverlight、
「スタンドアロンでシステムを構築する」のであればWPFを使ってみてはいかがでしょうか。